第1条 （輸入防疫対象疾病等）
（輸入防疫対象疾病等）第一条水産資源保護法（以下「法」という。）第十三条第一項の農林水産省令で定める輸入防疫対象疾病は、次の表の上欄に掲げる水産動物の種類に応じ、それぞれ同表の下欄に掲げる伝染性疾病とする。水産動物輸入防疫対象疾病さけ科魚類ウイルス性出血性敗血症（Ⅳａ型を除く。）サケ科魚類のアルファウイルス感染症流行性造血器壊死症ピシリケッチア症レッドマウス病旋回病こいコイ春ウイルス血症コイヘルペスウイルス病レッドマウス病きんぎよその他のふな属魚類こくれんはくれんコイ春ウイルス血症レッドマウス病あおうおそうぎよコイ春ウイルス血症ないるていらぴあレッドマウス病まだいマダイのグルゲア症くるまえびイエローヘッド病壊死性肝膵炎タウラ症候群伝染性皮下造血器壊死症急性肝膵臓壊死症バキュロウイルス・ペナエイ感染症エビの潜伏死病鰓随伴ウイルス病しろあしえびイエローヘッド病壊死性肝膵炎タウラ症候群伝染性皮下造血器壊死症急性肝膵臓壊死症伝染性筋壊死症バキュロウイルス・ペナエイ感染症エビの潜伏死病うしえびイエローヘッド病壊死性肝膵炎タウラ症候群伝染性皮下造血器壊死症急性肝膵臓壊死症伝染性筋壊死症バキュロウイルス・ペナエイ感染症鰓随伴ウイルス病モノドン型バキュロウイルス感染症こうらいえびイエローヘッド病壊死性肝膵炎タウラ症候群伝染性皮下造血器壊死症急性肝膵臓壊死症バキュロウイルス・ペナエイ感染症エビの潜伏死病鰓随伴ウイルス病モノドン型バキュロウイルス感染症リトペネウス属（Ｌｉｔｏｐｅｎａｅｕｓ）えび類（しろあしえびを除く。）イエローヘッド病壊死性肝膵炎タウラ症候群伝染性皮下造血器壊死症伝染性筋壊死症バキュロウイルス・ペナエイ感染症ペネウス属（Ｐｅｎａｅｕｓ）えび類（うしえびを除く。）イエローヘッド病壊死性肝膵炎タウラ症候群伝染性皮下造血器壊死症伝染性筋壊死症バキュロウイルス・ペナエイ感染症鰓随伴ウイルス病モノドン型バキュロウイルス感染症フェネロペネウス属（Ｆｅｎｎｅｒｏｐｅｎａｅｕｓ）えび類（こうらいえびを除く。）イエローヘッド病壊死性肝膵炎タウラ症候群伝染性皮下造血器壊死症バキュロウイルス・ペナエイ感染症鰓随伴ウイルス病モノドン型バキュロウイルス感染症メリセルトゥス属（Ｍｅｌｉｃｅｒｔｕｓ）えび類よしえび属えび類イエローヘッド病壊死性肝膵炎タウラ症候群伝染性皮下造血器壊死症バキュロウイルス・ペナエイ感染症モノドン型バキュロウイルス感染症くるまえび科（くるまえび、リトペネウス属、ペネウス属、フェネロペネウス属、メリセルトゥス属及びよしえび属を除く。）えび類イエローヘッド病壊死性肝膵炎タウラ症候群伝染性皮下造血器壊死症バキュロウイルス・ペナエイ感染症さくらえび科あきあみ属えび類てながえび科えび類イエローヘッド病とこぶしふくとこぶしアワビヘルペスウイルス感染症えぞあわびくろあわびまだかあわびめがいあわびアワビの細菌性膿疱症まがき属かき類カキヘルペスウイルス１型変異株感染症（μｖａｒに限る。）ほたてがいパーキンサス・クグワディ感染症まぼやマボヤの被嚢軟化症２法第十三条第一項の農林水産省令で定める水産動物は、前項の表の上欄に掲げる水産動物であつて、次に掲げるものとする。一生きている水産動物（食用に供するものにあつては、公共の用に供する水面又はこれに直接排水する施設において保管するものに限る。）二生きていない水産動物（加工したものを含み、養殖の用に供するもの（魚粉及び魚油を除く。）に限る。）
第1_附2条 第一条
第一条この省令は、公布の日から施行する。
第1_附3条 （施行期日）
（施行期日）第一条この省令は、内閣法の一部を改正する法律（平成十一年法律第八十八号）の施行の日（平成十三年一月六日）から施行する。
第1_附4条 （施行期日）
（施行期日）第一条この省令は、公布の日から施行する。
第1_附5条 （施行期日）
（施行期日）第一条この省令は、不正競争防止法等の一部を改正する法律の施行の日（令和元年七月一日）から施行する。
第1_附6条 （施行期日）
（施行期日）第一条この省令は、公布の日から施行する。
第2条 （輸入の申請）
（輸入の申請）第二条法第十三条第一項の許可を受けようとする者は、別記様式第一号による申請書を提出しなければならない。２法第十三条第二項の農林水産省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。一荷受人及び荷送人の氏名又は名称及び住所二輸入しようとする水産動物の搭載予定地、搭載予定年月日及び搭載予定船舶名又は搭載予定航空機名三輸入しようとする水産動物の仕向地四その他参考となるべき事項
第2_附2条 （経過措置）
（経過措置）第二条この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の水産資源保護法施行規則の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の水産資源保護法施行規則の様式によるものとみなす。２この省令の施行の際現にある旧様式により調製した用紙は、この省令の施行後においても当分の間、これを取り繕って使用することができる。
第2_附3条 （経過措置）
（経過措置）第二条この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。２この省令の施行の際現にある旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。
第2_附4条 （経過措置）
（経過措置）第二条この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。２この省令の施行の際現にある旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。
第2_2条 （電磁的記録による作成）
（電磁的記録による作成）第二条の二法第十三条第二項に規定する検査証明書又はその写しについては、当該検査証明書又はその写しに記載されるべき事項が記録され、かつ、輸出国の政府機関が作成したと認められる電磁的記録（電子的方式、磁気的方式その他人の知覚によっては認識することができない方式で作られる記録であって、電子計算機による情報処理の用に供されるものをいう。以下この条において同じ。）が作成されたものを輸入する場合には、電磁的記録をもつてこれに代えることができる。
第3条 （輸入許可証の交付）
（輸入許可証の交付）第三条法第十三条第四項の規定により交付する輸入許可証の様式は、別記様式第二号による。
第4条 （管理すべき期間）
（管理すべき期間）第四条法第十四条第一項の農林水産省令で定める期間は、次の表の上欄に掲げる水産動物の種類に応じ、それぞれ同表の下欄に掲げる期間とする。水産動物期間さけ科魚類十日（ウイルス性出血性敗血症の病原体を広げるおそれがないとは認められない場合にあつては十五日、旋回病の病原体を広げるおそれがないとは認められない場合にあつては四十二日、ピシリケッチア症の病原体を広げるおそれがないとは認められない場合にあつては八十四日）こい十日（コイ春ウイルス血症の病原体を広げるおそれがないとは認められない場合にあつては十五日、コイヘルペスウイルス病の病原体を広げるおそれがないとは認められない場合にあつては二十一日）きんぎよその他のふな属魚類こくれんはくれん十日（コイ春ウイルス血症の病原体を広げるおそれがないとは認められない場合にあつては、十五日）あおうおそうぎよ十五日ないるていらぴあ十日まだい三十日くるまえび科えび類さくらえび科あきあみ属えび類てながえび科えび類十日（壊死性肝膵炎の病原体を広げるおそれがないとは認められない場合にあつては十八日、タウラ症候群の病原体を広げるおそれがないとは認められない場合にあつては二十日、エビの潜伏死病の病原体を広げるおそれがないとは認められない場合にあつては三十日、伝染性筋壊死症の病原体を広げるおそれがないとは認められない場合にあつては五十日）とこぶしふくとこぶし七日えぞあわびくろあわびまだかあわびめがいあわび百八十日まがき属かき類七日ほたてがい二百十日まぼや二十三日
第5条 （管理の方法）
（管理の方法）第五条法第十四条第一項の農林水産省令で定める方法は、次のとおりとする。一管理すべき水産動物を他の水産動物と区別して保管すること。二当該水産動物の容器包装に入れられていた水その他の液体又は当該水産動物の飼育用水を排出する場合には、これを消毒すること。三前条の管理すべき期間中に当該水産動物をその容器包装又はいけす（以下この号において「容器包装等」という。）から他の容器包装又はいけすに移す場合には、容器包装等を消毒すること。四当該水産動物の容器包装を廃棄する場合には、これを焼却又は埋却により行うこと。五前条の管理すべき期間中に当該水産動物がへい死した場合には、当該水産動物について、焼却、埋却その他の必要な措置をとること。
第6条 （輸入防疫対象疾病の検査）
（輸入防疫対象疾病の検査）第六条法第十四条第二項の規定により検査を受ける者は、あらかじめ、文書又は口頭により、次に掲げる事項を農林水産大臣に届け出なければならない。一水産動物の所有者及び管理者の氏名又は名称及び住所二水産動物がかかり、又はかかつている疑いがある輸入防疫対象疾病の種類三水産動物の種類四水産動物の所在地五水産動物が輸入防疫対象疾病にかかり、又はかかつている疑いがあることを発見した年月日時及び発見時の状態六その他参考となるべき事項
第7条 （身分証明書の様式）
（身分証明書の様式）第七条法第十六条第二項に規定する身分を示す証明書の様式は、別記様式第三号による。
第8条 （通路設置計画等の作成及びその承認）
（通路設置計画等の作成及びその承認）第八条法第二十六条第二項の規定による命令を受けた者は、当該命令を受けた日から六十日以内に、左表の上欄に掲げる命令の区分に従い、それぞれ同表の中欄に掲げる事項を記載した計画書に同表の下欄に掲げる書類を添え、農林水産大臣に提出しなければならない。命令の区分計画書の記載事項添附書類さヽくヽ河魚類の通路又は当該通路に代るべき施設（この表において「通路等」という。）を設置すべき命令通路等の設置位置通路等の幅員、長さ及び構造通路等設置の工事計画通路等の操作計画工事設計書さヽくヽ河魚類又はその他の魚類の繁殖に必要な施設（この表において「施設」という。）を設置すべき命令施設の位置施設の種類、規模及び工事計画工事設計書さヽくヽ河魚類又はその他の魚類の繁殖に必要な方法（この表において「方法」という。）を講ずべき命令方法の実施時期及び規模方法の実施者
第9条 （除害工事命令）
（除害工事命令）第九条法第二十七条第四項の利害関係人が、同条第一項に規定する除害工事の命令を申請しようとするときは、左の各号に掲げる事項を記載した申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。一申請者の氏名又は名称及び住所二工作物の所有者又は占有者の氏名又は名称及び住所三工作物の種類、規模及び用途四除害工事を必要とする理由五除害工事の内容六除害工事を命ずるべき時期七除害工事によつて当該工作物について権利を有する者のこうむるべき損失
第10条 （補償金額決定の通知）
（補償金額決定の通知）第十条農林水産大臣は、法第二十七条第三項の補償金額を決定したときは、当該金額及び支払の期限を、当該工作物について権利を有する者に通知するものとする。２農林水産大臣は、法第二十七条第四項の補償金額を決定したときは、当該金額及び支払の期限を当該申請者に通知するとともに、当該金額、支払の期限並びに当該申請者の氏名又は名称及び住所を、当該工作物について権利を有する者に通知するものとする。
第11条 （届出の義務）
（届出の義務）第十一条法第三十条の農林水産省令で定める水産動植物は、あゆとする。
第12条 第十二条
第十二条法第三十条前段の規定による届出は、その業を開始しようとする日の三十日前までに、別記様式第四号による届出書を農林水産大臣に提出してしなければならない。２法第三十条前段又は法附則第二項の規定による届出をした者は、当該届出書の記載事項を変更しようとするときは、当該変更をしようとする事項を記載した届出書を農林水産大臣に提出しなければならない。
第13条 第十三条
第十三条法第三十条後段の規定による届出は、その業を廃止した日から十日以内に、その旨を記載した書面を農林水産大臣に提出してしなければならない。
第14条 （生産及び配付の指示）
（生産及び配付の指示）第十四条法第三十一条の規定による指示は、水産動植物の生産についてする場合は当該水産動植物の種苗の種類及び生産数量又は生産方法を、水産動植物の種苗の配付についてする場合には、当該水産動植物の種苗の種類及び配付価格、配付方法、配付先別数量、又は時期別配付数量を記載した書面を交付してするものとする。
第15条 （報告の徴収）
（報告の徴収）第十五条総トン数二十トン以上の漁船の船長は、農林水産大臣が漁具の流失につき水産資源の保護培養のため必要と認めて報告すべき事項及び方法を告示して定めた場合には、当該定めに従つて報告しなければならない。