第1条 （農林水産植物）
（農林水産植物）第一条種苗法（以下「法」という。）第二条第一項の政令で定める植物は、次に掲げる種に属する植物（子実体の生産のために栽培されるものに限る。）とする。一あらげきくらげ二うすひらたけ三えのきたけ四エリンギ五おおひらたけ六きくらげ七きぬがさたけ八くりたけ九くろあわびたけ十こむらさきしめじ十一しいたけ十二しろたもぎたけ十三たまちょれいたけ十四たもぎたけ十五つくりたけ十六とんびまいたけ十七なめこ十八におうしめじ十九ぬめりすぎたけ二十はたけしめじ二十一はなびらたけ二十二ひめまつたけ二十三ひらたけ二十四ぶなしめじ二十五ぶなはりたけ二十六ほんしめじ二十七まいたけ二十八まんねんたけ二十九むきたけ三十むらさきしめじ三十一やなぎまつたけ三十二やまぶしたけ
第1_附2条 （施行期日）
（施行期日）第一条この政令は、法の施行の日から施行する。
第1_附3条 （施行期日）
（施行期日）第一条この政令は、平成十二年四月一日から施行する。
第1_附4条 （施行期日）
（施行期日）第一条この政令は、整備法の施行の日（平成十八年四月一日）から施行する。
第1_附5条 （施行期日）
（施行期日）第一条この政令は、農地法等の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）の施行の日（平成二十一年十二月十五日）から施行する。
第1_附6条 （施行期日）
（施行期日）第一条この政令は、平成二十八年四月一日から施行する。
第1_附7条 （施行期日）
（施行期日）第一条この政令は、平成二十八年四月一日から施行する。
第2条 （加工品）
（加工品）第二条法第二条第四項の政令で定める加工品は、次の各号に掲げる農林水産植物の種類の区分に応じ、それぞれ当該各号に定める加工品とする。一小豆豆を水煮したもの（砂糖を加えたものを含む。）及びあん二いぐさござ三稲米飯四いんげん豆豆を水煮したもの（砂糖を加えたものを含む。）及びあん五かんしょ干し芋及び焼き芋六茶葉又は茎を製茶したもの七落花生煎ったものその他の加熱による調理をしたもの
第3条 （指定種苗）
（指定種苗）第三条法第二条第六項の政令で定めるものは、葉及び芽とする。
第4条 （品種の育成に関する業務を行う独立行政法人）
（品種の育成に関する業務を行う独立行政法人）第四条法第六条第二項の政令で定める独立行政法人は、国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構、国立研究開発法人国際農林水産業研究センター、国立研究開発法人森林研究・整備機構及び国立研究開発法人水産研究・教育機構とする。
第5条 （都道府県が処理する事務）
（都道府県が処理する事務）第五条法第五十九条第四項、第六十条並びに第六十一条第二項及び第三項に規定する農林水産大臣の権限に属する事務のうち、稲、大麦、はだか麦、小麦及び大豆の種苗に係るもの（二以上の都道府県の区域内に営業所を設けて種苗を販売する法第二条第六項に規定する種苗業者（以下「広域種苗業者」という。）に関するものを除く。）は、都道府県知事が行うこととする。２法第六十二条及び第六十五条に規定する農林水産大臣の権限に属する事務のうち、稲、大麦、はだか麦、小麦及び大豆の種苗に係るものは、都道府県知事が行うこととする。ただし、種苗の流通の適正化を図るため特に必要があると認めるときは、農林水産大臣が自らその権限に属する事務（広域種苗業者に関するものに限る。）を行うことを妨げない。３第一項及び前項本文の場合においては、法中これらの規定に規定する事務に係る農林水産大臣に関する規定は、都道府県知事に関する規定として都道府県知事に適用があるものとする。４都道府県知事は、第二項本文の規定に基づき、法第六十二条第一項の規定により広域種苗業者から指定種苗を集取し、又は法第六十五条の規定により広域種苗業者に対し報告若しくは書類の提出を命じた場合には、農林水産省令で定めるところにより、その結果を農林水産大臣に報告しなければならない。
第21条 （種苗法施行令の一部改正に伴う経過措置）
（種苗法施行令の一部改正に伴う経過措置）第二十一条この政令の施行前に第四十五条の規定による改正前の種苗法施行令第四条第二項の規定により権限を委任された都道府県知事が整備法第三百五条の規定による改正前の種苗法（平成十年法律第八十三号）第五十三条第一項の規定により指定種苗を集取し、又は同法第五十四条の規定により報告若しくは書類の提出を命じた場合については、第四十五条の規定による改正後の種苗法施行令第四条第四項の規定は、適用しない。