湖沼水質保全特別措置法

（目的）第一条この法律は、湖沼の水質の保全を図るため、湖沼水質保全基本方針を定めるとともに、水質の汚濁に係る環境基準の確保が緊要な湖沼について水質の保全に関し実施すべき施策に関する計画の策定及び汚水、廃液その他の水質の汚濁の原因となる物を排出する施設に係る必要な規制を行う等の特別の措置を講じ、もつて国民の健康で文化的な生活の確保に寄与することを目的とする。

（施行期日）第一条この法律は、平成十七年四月一日から施行する。

（施行期日）第一条この法律は、千九百七十三年の船舶による汚染の防止のための国際条約に関する千九百七十八年の議定書によって修正された同条約を改正する千九百九十七年の議定書（以下「第二議定書」という。）が日本国について効力を生ずる日（以下「施行日」という。）から施行する。

（施行期日）第一条この法律は、平成十七年四月一日から施行する。ただし、附則第七条及び第二十八条の規定は公布の日から、附則第四条第一項から第五項まで及び第九項から第十一項まで、第五条並びに第六条の規定は平成十六年十月一日から施行する。

（施行期日）第一条この法律は、公布の日から起算して一年を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。ただし、第二条の改正規定は、公布の日から施行する。

（施行期日）第一条この法律は、公布の日から起算して一年を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。

（施行期日）第一条この法律は、公布の日から施行する。

（施行期日）第一条この法律は、公布の日から起算して一月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。ただし、第二条（河川法目次の改正規定（「第十五条」を「第十五条の二」に改める部分に限る。）、同法第十五条の改正規定、同法第二章第一節中同条の次に一条を加える改正規定、同法第二十三条の改正規定、同条の次に三条を加える改正規定、同法第三十二条の改正規定、同法第三十三条（見出しを含む。）の改正規定、同法第三十四条から第三十六条まで及び第三十八条の改正規定、同法第四十一条（見出しを含む。）の改正規定、同法第七十五条の改正規定（同条第二項第三号中「洪水」の下に「、津波」を加える部分を除く。）、同法第七十六条から第七十九条まで及び第八十七条の改正規定、同法第八十八条（見出しを含む。）の改正規定、同法第九十条及び第九十五条の改正規定、同法第百条の三第一項第一号の改正規定（「第十五条」の下に「、第十五条の二第一項」を加える部分及び「第二十五条まで」を「第二十三条の三まで、第二十四条、第二十五条」に改める部分に限る。）並びに同法第百二条及び第百五条の改正規定に限る。）並びに附則第三条、第七条（地方自治法（昭和二十二年法律第六十七号）別表第一河川法（昭和三十九年法律第百六十七号）の項第一号イの改正規定中「第十五条」の下に「、第十五条の二第一項」を加える部分及び「第二十五条まで」を「第二十三条の三まで、第二十四条、第二十五条」に改める部分に限る。）、第八条、第九条及び第十一条から第十四条までの規定は、公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。

（施行期日）第一条この法律は、公布の日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。一及び二略三附則第九条の規定この法律の公布の日又は水防法及び河川法の一部を改正する法律（平成二十五年法律第三十五号）の公布の日のいずれか遅い日

（施行期日）第一条この法律は、公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。

（施行期日）第一条この法律は、行政不服審査法（平成二十六年法律第六十八号）の施行の日から施行する。

（施行期日）第一条この法律は、公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。

（施行期日）第一条この法律は、公布の日から起算して二年六月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。

（施行期日）第一条この法律は、公布の日から起算して三月を経過した日から施行する。

（施行期日）第一条この法律は、公布の日から起算して九月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。

（施行期日）第一条この法律は、平成九年四月一日から施行する。

（施行期日）第一条この法律は、平成十二年三月二十一日から施行する。

（施行期日）第一条この法律は、平成十二年四月一日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。一第一条中地方自治法第二百五十条の次に五条、節名並びに二款及び款名を加える改正規定（同法第二百五十条の九第一項に係る部分（両議院の同意を得ることに係る部分に限る。）に限る。）、第四十条中自然公園法附則第九項及び第十項の改正規定（同法附則第十項に係る部分に限る。）、第二百四十四条の規定（農業改良助長法第十四条の三の改正規定に係る部分を除く。）並びに第四百七十二条の規定（市町村の合併の特例に関する法律第六条、第八条及び第十七条の改正規定に係る部分を除く。）並びに附則第七条、第十条、第十二条、第五十九条ただし書、第六十条第四項及び第五項、第七十三条、第七十七条、第百五十七条第四項から第六項まで、第百六十条、第百六十三条、第百六十四条並びに第二百二条の規定公布の日

（施行期日）第一条この法律（第二条及び第三条を除く。）は、平成十三年一月六日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。一第九百九十五条（核原料物質、核燃料物質及び原子炉の規制に関する法律の一部を改正する法律附則の改正規定に係る部分に限る。）、第千三百五条、第千三百六条、第千三百二十四条第二項、第千三百二十六条第二項及び第千三百四十四条の規定公布の日

（施行期日）第一条この法律は、公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。一第一条中地方自治法別表第一及び別表第二の改正規定並びに附則第十二条の規定公布の日二略三第四条から第七条まで及び附則第十一条の規定平成十五年一月一日

（湖沼水質保全基本方針）第二条国は、湖沼の水質の保全を図るための基本方針（以下「湖沼水質保全基本方針」という。）を定めなければならない。２湖沼水質保全基本方針には、次の事項を定めるものとする。一湖沼の水質の保全に関する基本構想二第四条第一項の湖沼水質保全計画の策定、第二十五条第一項の流出水対策地区の指定、第二十九条第一項の湖辺環境保護地区の指定その他指定湖沼の水質の保全のための施策に関する基本的な事項三前二号に掲げるもののほか、湖沼の水質の保全に関する重要事項３湖沼水質保全基本方針は、湖沼が健康で文化的な生活の確保に重要な役割を果たしていることにかんがみ、現在及び将来の国民がその恵沢を享受することができるように、湖沼の有する治水、利水、水産その他の公益的機能に十分配慮しつつ、湖沼の特性及び汚濁原因に応じた均衡ある水質保全対策を適切に講ずることを基本理念として定めるものとする。４環境大臣は、湖沼水質保全基本方針の案を作成して、閣議の決定を求めなければならない。５環境大臣は、前項の規定による閣議の決定があつたときは、遅滞なく、湖沼水質保全基本方針を公表しなければならない。６前二項の規定は、湖沼水質保全基本方針の変更について準用する。

（経過措置）第二条この法律の施行の際現に第三条の規定による改正前の湖沼水質保全特別措置法又は同法第十四条の規定により適用される改正前の水質汚濁防止法の規定により国の機関に対してされている届出又は国の機関がした命令その他の行為は、第三条の規定による改正後の湖沼水質保全特別措置法又は同法第十四条の規定により適用される改正後の水質汚濁防止法の相当規定に基づいて、相当する国の機関に対してされた届出又は相当する国の機関がした命令その他の行為とみなす。２この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。

（検討）第二条政府は、この法律の施行後五年を経過した場合において、この法律の施行の状況を勘案し、必要があると認めるときは、この法律の規定について検討を加え、その結果に基づいて必要な措置を講ずるものとする。

（指定湖沼及び指定地域）第三条環境大臣は、都道府県知事の申出に基づき、環境基本法（平成五年法律第九十一号）第十六条第一項の規定による水質の汚濁に係る環境上の条件についての基準（第二十三条第一項において「水質環境基準」という。）が現に確保されておらず、又は確保されないこととなるおそれが著しい湖沼であつて、当該湖沼の水の利用状況、水質の汚濁の推移等からみて特に水質の保全に関する施策を総合的に講ずる必要があると認められるものを指定湖沼として指定することができる。２環境大臣は、指定湖沼の水質の汚濁に関係があると認められる地域を指定地域として指定するものとする。３環境大臣は、指定湖沼又は指定地域を指定しようとするときは、前項の地域を管轄する都道府県知事（指定湖沼の指定については、第一項の申出をした都道府県知事を除く。）の意見を聴かなければならない。４都道府県知事は、第一項の申出をし、又は前項の意見を述べようとするときは、関係市町村長の意見を聴かなければならない。５環境大臣が指定湖沼又は指定地域の指定をするには、閣議の決定を経なければならない。６環境大臣は、指定湖沼又は指定地域を指定するときは、その旨を官報で公示しなければならない。７第一項（都道府県知事の申出に係る部分に限る。）及び第三項から前項までの規定は指定湖沼の指定の変更又は解除について、第三項から前項までの規定は指定地域の指定の変更又は解除について準用する。

（湖沼水質保全計画）第四条都道府県知事は、前条の規定により指定湖沼及び指定地域が定められたときは、湖沼水質保全基本方針に基づき、当該指定地域において当該指定湖沼につき湖沼の水質の保全に関し実施すべき施策に関する計画（以下「湖沼水質保全計画」という。）を定めなければならない。２指定地域が二以上の都府県の区域にわたる場合にあつては、関係都府県知事は、その協議によつて湖沼水質保全計画を定めるものとする。３湖沼水質保全計画においては、次の事項を定めるものとする。一湖沼水質保全計画の計画期間二湖沼の水質の保全に関する方針三下水道、し尿処理施設及び浄化槽の整備、しゆんせつその他の湖沼の水質の保全に資する事業に関すること。四湖沼の水質の保全のための規制その他の措置に関すること。４都道府県知事は、湖沼水質保全計画を定めようとする場合において必要があると認めるときは、あらかじめ、公聴会の開催等指定地域の住民の意見を反映させるために必要な措置を講じなければならない。５都道府県知事は、湖沼水質保全計画を定めようとするときは、当該湖沼水質保全計画に定められる事業を実施する者（国を除く。）及び関係市町村長の意見を聴き、かつ、当該指定湖沼を管理する河川管理者（河川法（昭和三十九年法律第百六十七号）第七条（同法第百条において準用する場合を含む。）に規定する河川管理者をいう。以下同じ。）及び環境大臣に協議しなければならない。６環境大臣は、前項の協議を受けたときは、公害対策会議の意見を聴かなければならない。７都道府県知事は、湖沼水質保全計画を定めたときは、遅滞なく、これを公表するよう努めるとともに、関係市町村長に送付しなければならない。８第二項及び第四項から前項までの規定は、湖沼水質保全計画の変更（第二十三条第一項の湖沼総量削減計画及び第二十六条第一項の流出水対策推進計画を策定し、又は変更する場合を含む。）について準用する。

（事業の実施）第五条湖沼水質保全計画に定められた事業は、当該事業に関する法律（これに基づく命令を含む。）の規定に従い、国、地方公共団体その他の者が実施するものとする。

（経過措置の原則）第五条行政庁の処分その他の行為又は不作為についての不服申立てであってこの法律の施行前にされた行政庁の処分その他の行為又はこの法律の施行前にされた申請に係る行政庁の不作為に係るものについては、この附則に特別の定めがある場合を除き、なお従前の例による。

（湖沼水質保全計画の達成の推進）第六条国及び地方公共団体は、湖沼水質保全計画の達成に必要な措置を講ずるように努めるものとする。

（訴訟に関する経過措置）第六条この法律による改正前の法律の規定により不服申立てに対する行政庁の裁決、決定その他の行為を経た後でなければ訴えを提起できないこととされる事項であって、当該不服申立てを提起しないでこの法律の施行前にこれを提起すべき期間を経過したもの（当該不服申立てが他の不服申立てに対する行政庁の裁決、決定その他の行為を経た後でなければ提起できないとされる場合にあっては、当該他の不服申立てを提起しないでこの法律の施行前にこれを提起すべき期間を経過したものを含む。）の訴えの提起については、なお従前の例による。２この法律の規定による改正前の法律の規定（前条の規定によりなお従前の例によることとされる場合を含む。）により異議申立てが提起された処分その他の行為であって、この法律の規定による改正後の法律の規定により審査請求に対する裁決を経た後でなければ取消しの訴えを提起することができないこととされるものの取消しの訴えの提起については、なお従前の例による。３不服申立てに対する行政庁の裁決、決定その他の行為の取消しの訴えであって、この法律の施行前に提起されたものについては、なお従前の例による。

（規制基準の設定）第七条都道府県知事は、指定地域にあつては、水質汚濁防止法（昭和四十五年法律第百三十八号）第二条第二項に規定する特定施設（第十四条の規定により同法第二条第三項に規定する指定地域特定施設とみなされる施設を含む。第十五条第一項、第二十四条、第二十五条第一項及び第四十三条において同じ。）で政令で定める施設以外のもの（以下「湖沼特定施設」という。）を設置する指定地域内の工場又は事業場で政令で定める規模以上のもの（以下「湖沼特定事業場」という。）から公共用水域（同法第二条第一項に規定する公共用水域をいう。以下同じ。）に排出される水（以下「排出水」という。）の汚濁負荷量（同法第二条第二項第二号に規定する項目のうち化学的酸素要求量その他の項目で指定湖沼ごとに政令で定めるもので表示した汚濁負荷量をいう。次項、次条及び第十条において同じ。）について、湖沼水質保全計画に基づき、環境省令で定めるところにより、指定湖沼の水質を保全するための規制基準を定めなければならない。２前項の規制基準は、湖沼特定事業場につき当該湖沼特定事業場から排出される排出水の汚濁負荷量について定める許容限度とする。３都道府県知事は、第一項の規制基準を定めるときは、公示しなければならない。これを変更し、又は廃止するときも、同様とする。

（湖沼特定事業場に係る計画変更命令等の特例）第八条都道府県知事は、湖沼特定施設について水質汚濁防止法第五条第一項又は第七条（第十四条の規定によりこれらの規定が適用される場合を含む。）の規定による届出があつた場合において、その届出に係る湖沼特定施設が設置される湖沼特定事業場（工場又は事業場で、当該湖沼特定施設の設置又は構造等の変更により新たに湖沼特定事業場となるものを含む。）について、当該湖沼特定事業場から排出される排出水の汚濁負荷量が前条第一項の規制基準に適合しないと認めるときは、その届出を受理した日から六十日以内に限り、当該湖沼特定事業場の設置者に対し、当該湖沼特定事業場における汚水又は廃液の処理の方法の改善その他必要な措置を採るべきことを命ずることができる。

（規制基準の遵守義務）第九条湖沼特定事業場の設置者は、当該湖沼特定事業場に係る第七条第一項の規制基準を遵守しなければならない。

（罰則に関する経過措置）第九条この法律の施行前にした行為並びに附則第五条及び前二条の規定によりなお従前の例によることとされる場合におけるこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。

（湖沼特定事業場に係る改善命令等の特例）第十条都道府県知事は、その汚濁負荷量が第七条第一項の規制基準に適合しない排出水が排出されるおそれがあると認めるときは、当該排出水に係る湖沼特定事業場の設置者に対し、期限を定めて、当該湖沼特定事業場における汚水又は廃液の処理の方法の改善その他必要な措置を採るべきことを命ずることができる。

（その他の経過措置の政令への委任）第十条附則第五条から前条までに定めるもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置（罰則に関する経過措置を含む。）は、政令で定める。

（承継）第十一条湖沼特定事業場を譲り受け、若しくは借り受け、又は相続、合併若しくは分割により取得した者は、第八条及び前条の規定の適用については、当該湖沼特定事業場の設置者の地位を承継する。

（罰則に関する経過措置）第十一条附則第一条第三号に掲げる規定の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。

（適用除外等）第十二条鉱山保安法（昭和二十四年法律第七十号）第十三条第一項の経済産業省令で定める施設である湖沼特定施設を設置する同法第二条第二項本文に規定する鉱山から排出水を排出する者に関しては当該鉱山について、電気事業法（昭和三十九年法律第百七十号）第二条第一項第十八号に規定する電気工作物又は海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律（昭和四十五年法律第百三十六号）第三条第十四号に規定する廃油処理施設である湖沼特定施設を設置する工場又は事業場から排出水を排出する者に関しては当該湖沼特定施設について、第八条の規定を適用せず、これらの法律の相当規定の定めるところによる。２都道府県知事は、前項に規定する湖沼特定施設に係る排出水に起因する指定湖沼の水質の汚濁により生活環境に係る被害を生ずるおそれがあると認めるときは、前項に規定する法律に基づく権限を有する国の行政機関の長（第四項において単に「行政機関の長」という。）に対し、第八条の規定に相当する鉱山保安法、電気事業法又は海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律の規定による措置を執るべきことを要請することができる。３水質汚濁防止法第二十三条第四項の規定は、前項の規定による要請について準用する。４都道府県知事は、第一項に規定する湖沼特定施設について、第十条の規定による命令をしようとするときは、あらかじめ、行政機関の長に協議しなければならない。

（その他の経過措置の政令への委任）第十二条この附則に規定するもののほか、この法律の施行に伴い必要な経過措置（罰則に関する経過措置を含む。）は、政令で定める。

（水質汚濁防止法の適用関係）第十三条指定地域における水質汚濁防止法第二十二条第一項の規定の適用については、同項中「この法律」とあるのは、「この法律（湖沼水質保全特別措置法第七条から第十条までの規定を含む。）」とする。

（みなし指定地域特定施設に係る排出水の排出の規制等）第十四条指定地域においては、湖沼の水質にとつて水質汚濁防止法第二条第二項第二号に規定する程度の汚水又は廃液を排出する施設として政令で定める施設について、これを同条第三項に規定する指定地域特定施設とみなし、同法の規定を適用する。この場合において、同法第六条第二項及び第十二条第三項中「指定地域において」とあるのは「湖沼水質保全特別措置法第三条第二項の指定地域（以下この項において「特定地域」という。）において」と、「指定地域となつた」とあるのは「特定地域となつた」と、同法第六条第二項中「湖沼水質保全特別措置法第十四条の規定により指定地域特定施設とみなされる施設についての同条の規定により適用される前条第一項又はこの項」とあるのは「前条第一項又はこの項（瀬戸内海環境保全特別措置法第十二条の二の規定によりこれらの規定が適用される場合を含む。）」と、同法第十三条第四項中「第二条第二項若しくは第三項」とあるのは「湖沼水質保全特別措置法第十四条」と、「政令又は」とあるのは「政令若しくは」と、「改正」とあるのは「改正又は同法第三条第二項の指定地域の指定若しくはその変更」とする。

（指定施設の設置の届出）第十五条指定地域において、水質汚濁防止法第二条第二項第二号に規定する項目に関し湖沼の水質の汚濁の原因となる物を発生し、及び公共用水域に排出する施設（同項に規定する特定施設であるものを除く。）であつて、湖沼の水質保全上同法第三条第一項又は第三項の排水基準による規制により難いものとして政令で定めるもの（以下「指定施設」という。）を設置しようとする者は、環境省令で定めるところにより、次の事項を都道府県知事に届け出なければならない。ただし、当該指定施設の設置について河川法第二十六条第一項の規定による河川管理者の許可を受けたときは、この限りでない。一氏名又は名称及び住所並びに法人にあつては、その代表者の氏名二指定施設の所在地三指定施設の種類四指定施設の構造五指定施設の使用の方法六その他環境省令で定める事項２河川管理者は、前項ただし書の許可をしたときは、その旨を都道府県知事に通報するものとする。

（経過措置）第十六条一の施設が指定施設となつた際現に指定地域においてその施設を設置している者（設置の工事をしている者を含む。以下この項において同じ。）又は一の地域が指定地域となつた際現にその地域において指定施設を設置している者は、当該施設が指定施設となつた日又は当該地域が指定地域となつた日から三十日以内に、環境省令で定めるところにより、前条第一項各号に掲げる事項を都道府県知事に届け出なければならない。２前条第一項ただし書及び第二項の規定は、前項の場合について準用する。

（指定施設の構造等の変更の届出）第十七条第十五条第一項又は前条第一項の規定による届出をした者（第十五条第二項（前条第二項において準用する場合を含む。）の通報に係る者を含む。次条第一項において同じ。）は、第十五条第一項第四号から第六号までに掲げる事項の変更をしようとするときは、環境省令で定めるところにより、その旨を都道府県知事に届け出なければならない。２前項に規定する者は、第十五条第一項第一号若しくは第二号に掲げる事項に変更があつたとき、又は届出に係る指定施設の使用を廃止したときは、その日から三十日以内に、その旨を都道府県知事に届け出なければならない。３第十五条第一項ただし書及び第二項の規定は、前二項の場合について準用する。

（承継）第十八条水質汚濁防止法第十一条第一項及び第二項の規定は、第十五条第一項又は第十六条第一項の規定による届出をした者の地位の承継について準用する。２前項において準用する水質汚濁防止法第十一条第一項又は第二項の規定により前項に規定する者の地位を承継した者は、その承継があつた日から三十日以内に、その旨を都道府県知事に届け出なければならない。ただし、河川法第三十三条第三項の規定による届出をしたときは、この限りでない。３第十五条第二項の規定は、前項ただし書に規定する場合について準用する。

（基準遵守義務）第十九条指定地域において指定施設を設置している者は、当該指定施設について、環境省令で定めるところにより都道府県が条例で定める構造及び使用の方法に関する基準を遵守しなければならない。

（改善勧告及び改善命令）第二十条都道府県知事は、指定地域において指定施設を設置している者が前条の基準を遵守していないと認めるときは、その者に対し、期限を定めて、当該指定施設の構造又は使用の方法を改善すべきことを勧告することができる。２都道府県知事は、前項の規定による勧告を受けた者がその勧告に従わないで当該指定施設を使用しているときは、その者に対し、期限を定めて、当該指定施設の構造又は使用の方法の改善を命ずることができる。３前二項の規定は、前条の基準の適用の際現に指定地域において指定施設を設置している者（設置の工事をしている者及び第十五条第一項の規定による届出その他の政令で定める設置に係る手続をした者であつて設置の工事に着手していないものを含む。）に係る当該指定施設については、当該基準の適用の日から一年間（当該施設が政令で定める施設である場合にあつては、三年間）は、適用しない。ただし、当該基準の適用の際その者に適用されている地方公共団体の条例の規定で第一項の規定に相当するものがあるとき、及び当該基準の適用の日以後当該施設についてその者が第十五条第一項第四号から第六号までに掲げる事項の変更（その日前に第十七条第一項の規定による届出その他の政令で定める変更に係る手続が行われた変更及び環境省令で定める軽微な変更を除く。）をしたときは、この限りでない。４都道府県知事は、小規模の事業者に対する第一項又は第二項の規定の適用に当たつては、その者の事業活動の遂行に著しい支障を生ずることのないよう当該勧告又は命令の内容について特に配慮しなければならない。

（報告及び検査）第二十一条都道府県知事は、この法律の施行に必要な限度において、指定施設を設置している者に対し、指定施設の状況その他必要な事項に関し報告を求め、又はその職員に、その者の当該施設を設置する場所に立ち入り、指定施設その他の物件を検査させることができる。２前項の規定により立入検査をする職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係人に提示しなければならない。３第一項の規定による立入検査の権限は、犯罪捜査のために認められたものと解釈してはならない。

（準用指定施設）第二十二条前三条の規定は、湖沼特定施設であつて、指定施設に準ずるものとして政令で定めるものについて準用する。この場合において、第二十条第三項中「第十五条第一項の規定」とあるのは「水質汚濁防止法第五条第一項の規定」と、「第十七条第一項の規定」とあるのは「同法第七条の規定」と読み替えるものとする。

（汚濁負荷量の総量の削減）第二十三条都道府県知事は、人口及び産業の集中等により、生活又は事業活動に伴い排出された水が大量に流入する指定湖沼であり、かつ、水質汚濁防止法第三条第一項又は第三項の排水基準及び第四条から前条までに規定する措置のみによつては水質環境基準の確保が困難であると認められる指定湖沼であつて政令で定めるもの（以下「総量削減指定湖沼」という。）における第七条第一項の政令で定める項目のうち政令で定める項目に係る水質の汚濁の防止を図るため、総量削減指定湖沼に係る指定地域（以下「総量削減指定地域」という。）について、当該総量削減指定湖沼に係る湖沼水質保全計画において、当該項目で表示した汚濁負荷量（以下単に「汚濁負荷量」という。）の総量の削減に関する計画（以下「湖沼総量削減計画」という。）を定めるものとする。２湖沼総量削減計画においては、当該総量削減指定地域における汚濁負荷量の総量の削減の目標、目標年度及び目標達成の方途を定めるものとする。この場合において、当該削減の目標に関しては、水質汚濁防止法第四条の二第二項後段の例に準じて定めるものとする。３都道府県知事は、第一項に規定する要件に該当すると認められる指定湖沼があるときは、同項の総量削減指定湖沼を定める政令の立案について、環境大臣に対し、その旨の申出をすることができる。４環境大臣は、第一項の総量削減指定湖沼を定める政令の制定又は改廃の立案をしようとするときは、当該指定湖沼に係る指定地域を管轄する都道府県知事（前項の申出をした都道府県知事を除く。）の意見を聴かなければならない。５都道府県知事は、第三項の申出をし、又は前項の意見を述べようとするときは、関係市町村長の意見を聴かなければならない。６第一項の規定により定めた湖沼総量削減計画に基づく汚濁負荷量の削減については、湖沼総量削減計画を水質汚濁防止法第四条の三に規定する総量削減計画とみなし、同法の規定（第十四条の規定により適用される同法の規定を含み、同法第四条の二及び第四条の三の規定を除く。）を適用する。この場合において、同法中「指定地域」とあるのは「湖沼水質保全特別措置法第二十三条第一項に規定する総量削減指定地域」と、同法第二条第六項中「特定施設（指定地域特定施設を含む。以下同じ。）」とあるのは「特定施設（湖沼水質保全特別措置法第十四条の規定により指定地域特定施設とみなされる施設を含む。以下同じ。）」と、同法第六条第三項中「第四条の二第一項の地域を定める政令の施行の際」とあるのは「一の地域が湖沼水質保全特別措置法第二十三条第一項に規定する総量削減指定地域となつた際」と、「当該政令の施行の日」とあるのは「当該地域が総量削減指定地域となつた日」と、同法第十三条第四項中「第四条の二第一項の地域を定める政令又は」とあるのは「湖沼水質保全特別措置法第十四条の施設を定める政令若しくは」と、「改正」とあるのは「改正又は同法第三条第二項の指定地域の指定若しくはその変更」と、同法第十六条第三項中「指定水域」とあるのは「湖沼水質保全特別措置法第二十三条第一項に規定する総量削減指定湖沼」とする。

（指導等）第二十四条都道府県知事は、水質汚濁防止法第二条第二項に規定する特定施設又は指定施設を設置する者以外の者であつて、指定地域において同項第二号に規定する項目に関し汚水、廃液その他の湖沼の水質の汚濁の原因となる物を公共用水域に排出するものに対し、湖沼水質保全計画を達成するために必要な指導、助言及び勧告をすることができる。

（流出水対策地区の指定）第二十五条都道府県知事は、湖沼水質保全基本方針に基づき、指定湖沼の水質の保全を図るために流出水（水質汚濁防止法第二条第二項に規定する特定施設及び指定施設から排出される水並びに同条第九項に規定する生活排水以外の水であつて、指定地域内の土地から指定湖沼に流入するものをいう。以下同じ。）の水質の改善に資する対策（以下「流出水対策」という。）の実施を推進する必要があると認める地区を、流出水対策地区として当該指定湖沼に係る指定地域内に指定することができる。２都道府県知事は、流出水対策地区を指定しようとするときは、関係市町村長の意見を聴かなければならない。３都道府県知事は、流出水対策地区の指定をしたときは、その旨を公表するとともに、当該流出水対策地区をその区域に含む市町村に通知しなければならない。４前二項の規定は、流出水対策地区の変更について準用する。

（流出水対策推進計画の策定）第二十六条都道府県知事は、前条の規定により流出水対策地区を指定したときは、湖沼水質保全計画において、当該流出水対策地区における流出水対策の実施を推進するための計画（以下「流出水対策推進計画」という。）を定めなければならない。２流出水対策推進計画においては、次の事項を定めるものとする。一流出水対策の実施の推進に関する方針二流出水の水質を改善するための具体的方策に関すること。３流出水対策推進計画においては、前項各号に掲げる事項のほか、流出水対策に係る啓発に関する事項を定めるよう努めるものとする。

（処分等に関する経過措置）第二十六条この法律の施行前に改正前のそれぞれの法律（これに基づく命令を含む。以下この条において同じ。）の規定によってした処分、手続その他の行為であって、改正後のそれぞれの法律の規定に相当の規定があるものは、この附則に別段の定めがあるものを除き、改正後のそれぞれの法律の相当の規定によってしたものとみなす。

（住民の理解を深める等のための措置）第二十七条都道府県は、広報活動等を通じて、流出水対策推進計画の意義に関する流出水対策地区内の住民の理解を深めるとともに、流出水対策推進計画の実施に関する流出水対策地区内の住民の協力を求めるよう努めなければならない。

（罰則の適用に関する経過措置）第二十七条この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。

（指導等）第二十八条都道府県知事は、流出水対策推進計画を実施するために特に必要があると認めるときは、流出水対策地区内の土地であつて、流出水の汚濁の原因となる物が著しく発生していると認められるものの所有者、管理者又は占有者に対し、流出水対策を実施するよう必要な指導、助言及び勧告をすることができる。

（政令委任）第二十八条この附則に定めるもののほか、この法律の施行に伴い必要な経過措置は、政令で定める。

（湖辺環境保護地区の指定）第二十九条都道府県知事は、湖沼水質保全基本方針に基づき、指定湖沼の水質の保全を図るために、湖沼の水辺地及びこれに隣接する水域のうち、植物（湖沼の水質の改善に資するものとして環境省令で定めるものに限る。以下同じ。）が生育している地区の自然環境（以下「湖辺環境」という。）を保護する必要があると認めるときは、当該地区を湖辺環境保護地区として当該指定湖沼に係る指定地域内に指定することができる。２都道府県知事は、湖辺環境保護地区を指定しようとする場合において必要があると認めるときは、あらかじめ、公聴会の開催等指定地域の住民の意見を反映させるために必要な措置を講じなければならない。３都道府県知事は、湖辺環境保護地区を指定しようとするときは、関係市町村長の意見を聴くとともに、当該湖辺環境保護地区に係る指定湖沼を管理する河川管理者に協議しなければならない。４都道府県知事は、湖辺環境保護地区の指定をしたときは、その旨を公表するとともに、当該湖辺環境保護地区をその区域に含む市町村に通知しなければならない。５前三項の規定は、湖辺環境保護地区の変更について準用する。

（湖辺環境保護地区内における行為の届出等）第三十条湖辺環境保護地区内において、次に掲げる行為をしようとする者は、都道府県知事に対し、環境省令で定めるところにより、行為の種類、場所並びに開始及び終了の時期その他環境省令で定める事項を届け出なければならない。一植物を採取し、又は損傷すること。二水面を埋め立て、又は干拓すること。三鉱物を掘採し、又は土石を採取すること。四前三号に掲げるもののほか、湖辺環境の保護に支障があると認められる行為として政令で定める行為をすること。２都道府県知事は、指定湖沼の湖辺環境を保護するために必要があると認めるときは、湖辺環境保護地区内において前項の規定により届出を要する行為をしようとする者又はした者に対して、その湖辺環境を保護するために必要な限度において、当該行為を禁止し、若しくは制限し、又は必要な措置を執るべき旨を命ずることができる。３前項の処分は、第一項の規定による届出をした者に対しては、その届出があつた日から起算して三十日以内に限り、することができる。４都道府県知事は、第一項の規定による届出があつた場合において、実地の調査をする必要があるとき、その他前項の期間内に第二項の処分をすることができない合理的な理由があるときは、その理由が存続する間、前項の期間を延長することができる。この場合においては、同項の期間内に、第一項の規定による届出をした者に対し、その旨及び期間を延長する理由を通知しなければならない。５第一項の規定による届出をした者は、その届出をした日から起算して三十日を経過した後でなければ、当該届出に係る行為に着手してはならない。６都道府県知事は、指定湖沼の湖辺環境の保護に支障を及ぼすおそれがないと認めるときは、前項の期間を短縮することができる。７前各項の規定にかかわらず、国の機関又は地方公共団体が行う行為については、第一項の規定による届出をすることを要しない。この場合において、当該国の機関又は地方公共団体は、同項の届出を要する行為をしようとするときは、あらかじめ、都道府県知事にその旨を通知しなければならない。８都道府県知事は、前項の規定による通知があつた場合において、湖辺環境保護地区の湖辺環境を保護するために必要があると認めるときは、当該通知をした国の機関又は地方公共団体に対し、湖辺環境の保護のために執るべき措置について協議を求めることができる。９次に掲げる行為については、前各項の規定は、適用しない。一通常の管理行為、軽易な行為その他の行為であつて、指定湖沼の湖辺環境の保護に支障を及ぼすおそれがないと認められるものとして環境省令で定めるもの二湖辺環境保護地区が指定され、又はその区域が拡張された際既に着手していた行為三非常災害のために必要な応急措置として行う行為四河川法第二十三条、第二十四条、第二十五条、第二十六条第一項若しくは第二十七条第一項（これらの規定を同法第百条第一項において準用する場合を含む。）の規定若しくは同法第二十八条若しくは第二十九条（これらの規定を同法第百条第一項において準用する場合を含む。）の規定に基づく政令若しくは都道府県の条例の規定による許可又は同法第二十三条の二（同法第百条第一項において準用する場合を含む。）の規定による登録を要する行為五河川法第二十八条又は第二十九条（これらの規定を同法第百条第一項において準用する場合を含む。）の規定に基づく政令又は都道府県の条例の規定により制限された行為

（原状回復命令等）第三十一条都道府県知事は、指定湖沼の湖辺環境の保護のために必要があると認めるときは、その必要な限度において、前条第二項の規定による処分に違反した者又はその者からその行為の行われた土地についての権利を承継した者に対して、相当の期限を定めて、原状回復を命じ、又は原状回復が著しく困難である場合に、これに代わるべき必要な措置を執るべき旨を命ずることができる。２前項の規定により原状回復又はこれに代わるべき必要な措置（以下「原状回復等」という。）を命じようとする場合において、過失がなくて当該原状回復等を命ずべき者を確知することができないときは、都道府県知事は、その者の負担において、当該原状回復等を自ら行い、又はその命じた者若しくは委任した者にこれを行わせることができる。この場合においては、相当の期限を定めて、当該原状回復等を行うべき旨及びその期限までに当該原状回復等を行わないときは、都道府県知事又はその命じた者若しくは委任した者が当該原状回復等を行う旨をあらかじめ公告しなければならない。３前項の規定により原状回復等を行おうとする者は、その身分を示す証明書を携帯し、関係者の請求があるときは、これを提示しなければならない。

（報告及び検査等）第三十二条都道府県知事は、この法律の施行に必要な限度において、第三十条第二項又は前条第一項の規定による処分を受けた者に対し、当該処分に係る措置の実施状況その他必要な事項に関し報告を求め、又はその職員に、湖辺環境保護地区内の土地若しくは建物内に立ち入り、第三十条第一項各号に掲げる行為の実施状況を検査させ、若しくはこれらの行為の湖辺環境に及ぼす影響を調査させることができる。２前項に規定する職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係者の請求があるときは、これを提示しなければならない。３第一項の規定による立入検査又は立入調査の権限は、犯罪捜査のために認められたものと解してはならない。

（公害等調整委員会の裁定）第三十三条第三十条第二項又は第三十一条第一項の規定による都道府県知事の処分に不服がある者は、その不服の理由が鉱業、採石業又は砂利採取業との調整に関するものであるときは、公害等調整委員会に裁定を申請することができる。この場合には、審査請求をすることができない。２行政不服審査法（平成二十六年法律第六十八号）第二十二条の規定は、前項の処分につき、処分をした行政庁が誤つて審査請求又は再調査の請求をすることができる旨を教示した場合について準用する。

（損失の補償）第三十四条都道府県は、第三十条第二項の規定による処分を受けたため損失を受けた者に対して、通常生ずべき損失を補償しなければならない。２前項の規定による補償を受けようとする者は、都道府県知事にこれを請求しなければならない。３都道府県知事は、前項の規定による請求を受けたときは、補償すべき金額を決定し、当該請求者にこれを通知しなければならない。

（訴えの提起）第三十五条前条第三項の規定による決定に不服がある者は、その通知を受けた日から六月以内に訴えをもつて補償すべき金額の増額を請求することができる。２前項の訴えにおいては、都道府県を被告とする。

（国及び地方公共団体の責務）第三十六条国及び地方公共団体は、この章に定める他の施策と相まつて指定湖沼の水質の保全に資するよう緑地の保全その他湖沼の水辺地の自然環境の保護に努めなければならない。

（助言その他の措置）第三十七条国は、地方公共団体が湖沼水質保全計画に基づく事業を円滑に実施することができるよう、当該地方公共団体に対し、助言その他必要な援助を行うように努めなければならない。

第三十八条国は、事業者が行う指定湖沼の水質の汚濁の防止のための施設の整備について、必要な資金のあつせん、技術的な助言その他の措置を講ずるように努めなければならない。２前項の措置を講ずるに当たつては、中小企業者に対する特別の配慮がなされなければならない。

（関係行政機関の協力等）第三十九条都道府県知事は、この法律の目的を達成するため必要があると認めるときは、関係行政機関の長又は関係地方公共団体の長に対し、必要な資料の送付その他の協力を求め、又は指定湖沼の水質の保全に関し意見を述べることができる。２河川管理者、港湾管理者（港湾法（昭和二十五年法律第二百十八号）第二条第一項に規定する港湾管理者をいう。）その他指定地域内の公共用水域の管理を行う者で政令で定めるものは、この法律の施行に関して当該公共用水域の管理上必要があると認めるときは、都道府県知事に対し、指定湖沼の水質の保全に関して意見を述べることができる。

（研究の推進等）第四十条国は、湖沼の水質の保全に関する研究及び技術の開発を推進し、その成果の普及に努めなければならない。２国は、湖沼の水質の保全に関し、知識の普及を図るとともに、国民の協力を求めるように努めなければならない。

（経過措置）第四十一条この法律の規定に基づき命令を制定し、又は改廃する場合においては、その命令で、その制定又は改廃に伴い合理的に必要と判断される範囲内において、所要の経過措置（罰則に関する経過措置及び経過措置に関する罰則を含む。）を定めることができる。

（政令で定める市の長による事務の処理）第四十二条この法律の規定により都道府県知事の権限に属する事務（第三条第一項（同条第七項において準用する場合を含む。）、第四条第一項、第七条第一項、第二十三条第一項及び第三項、第二十五条第一項、第二十六条第一項並びに第二十九条第一項に規定する事務を除く。）の一部は、指定地域の全部又は一部が政令で定める市の区域内にある場合には、その区域については、政令で定めるところにより、当該市の長が行うこととすることができる。２前項の政令で定める市の長は、この法律の施行に必要な事項で環境省令で定めるものを都道府県知事に通知しなければならない。

（条例との関係）第四十三条この法律の規定は、指定地域において、地方公共団体が、指定施設（第二十二条の政令で定める施設を含む。以下同じ。）について、水質汚濁防止法第二条第二項第二号に規定する項目以外の項目に関し、及び指定施設以外の同号に規定する項目に関して湖沼の水質の汚濁の原因となる物を排出する施設（同項に規定する特定施設であるものを除く。）について、その施設の構造又は使用の方法に関し、条例で必要な規制を定めることを妨げるものではない。

第四十四条第八条、第十条又は第三十一条第一項の規定による命令に違反した者は、一年以下の拘禁刑又は百万円以下の罰金に処する。

第四十五条第二十条第二項（第二十二条において準用する場合を含む。）又は第三十条第二項の規定による命令に違反した者は、五十万円以下の罰金に処する。

第四十六条次の各号のいずれかに該当する者は、三十万円以下の罰金に処する。一第十五条第一項、第十七条第一項又は第三十条第一項の規定による届出をせず、又は虚偽の届出をした者二第三十条第五項の規定に違反して、届出に係る行為に着手した者三第三十二条第一項の規定による報告をせず、若しくは虚偽の報告をし、又は同項の規定による検査若しくは調査を拒み、妨げ、若しくは忌避した者

第四十七条次の各号のいずれかに該当する者は、二十万円以下の罰金に処する。一第十六条第一項の規定による届出をせず、又は虚偽の届出をした者二第二十一条第一項（第二十二条において準用する場合を含む。以下この号において同じ。）の規定による報告をせず、若しくは虚偽の報告をし、又は同項の規定による検査を拒み、妨げ、若しくは忌避した者

第四十八条法人の代表者又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務に関し、第四十四条から前条までの違反行為をしたときは、行為者を罰するほか、その法人又は人に対して各本条の罰金刑を科する。

第四十九条第十七条第二項又は第十八条第二項の規定による届出をせず、又は虚偽の届出をした者は、十万円以下の過料に処する。

（湖沼水質保全特別措置法の一部改正に伴う経過措置）第七十九条この法律の施行の際現に第百七十九条の規定による改正前の湖沼水質保全特別措置法第四条第五項（同条第八項において準用する場合を含む。）の規定によりされている協議の申出は、第百七十九条の規定による改正後の湖沼水質保全特別措置法第四条第五項（同条第八項において準用する場合を含む。）の規定によりされた協議の申出とみなす。

（罰則に関する経過措置）第八十一条この法律（附則第一条各号に掲げる規定にあっては、当該規定。以下この条において同じ。）の施行前にした行為及びこの附則の規定によりなお従前の例によることとされる場合におけるこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。

（政令への委任）第八十二条この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置（罰則に関する経過措置を含む。）は、政令で定める。

（国等の事務）第百五十九条この法律による改正前のそれぞれの法律に規定するもののほか、この法律の施行前において、地方公共団体の機関が法律又はこれに基づく政令により管理し又は執行する国、他の地方公共団体その他公共団体の事務（附則第百六十一条において「国等の事務」という。）は、この法律の施行後は、地方公共団体が法律又はこれに基づく政令により当該地方公共団体の事務として処理するものとする。

（不服申立てに関する経過措置）第百六十一条施行日前にされた国等の事務に係る処分であって、当該処分をした行政庁（以下この条において「処分庁」という。）に施行日前に行政不服審査法に規定する上級行政庁（以下この条において「上級行政庁」という。）があったものについての同法による不服申立てについては、施行日以後においても、当該処分庁に引き続き上級行政庁があるものとみなして、行政不服審査法の規定を適用する。この場合において、当該処分庁の上級行政庁とみなされる行政庁は、施行日前に当該処分庁の上級行政庁であった行政庁とする。２前項の場合において、上級行政庁とみなされる行政庁が地方公共団体の機関であるときは、当該機関が行政不服審査法の規定により処理することとされる事務は、新地方自治法第二条第九項第一号に規定する第一号法定受託事務とする。

（罰則に関する経過措置）第百六十三条この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。

（その他の経過措置の政令への委任）第百六十四条この附則に規定するもののほか、この法律の施行に伴い必要な経過措置（罰則に関する経過措置を含む。）は、政令で定める。

（検討）第二百五十条新地方自治法第二条第九項第一号に規定する第一号法定受託事務については、できる限り新たに設けることのないようにするとともに、新地方自治法別表第一に掲げるもの及び新地方自治法に基づく政令に示すものについては、地方分権を推進する観点から検討を加え、適宜、適切な見直しを行うものとする。

第二百五十一条政府は、地方公共団体が事務及び事業を自主的かつ自立的に執行できるよう、国と地方公共団体との役割分担に応じた地方税財源の充実確保の方途について、経済情勢の推移等を勘案しつつ検討し、その結果に基づいて必要な措置を講ずるものとする。