第1条 （公害健康被害の補償等に関する法律第十三条第二項の規定による支払）
（公害健康被害の補償等に関する法律第十三条第二項の規定による支払）第一条公害健康被害の補償等に関する法律（以下「法」という。）第十三条第二項の規定による支払は、毎年度（毎年四月一日から翌年三月三十一日までをいう。以下同じ。）、当該ばい煙発生施設等設置者（法第五十二条第一項に規定するばい煙発生施設等設置者をいう。以下同じ。）が当該補償給付の支給の原因となつた行為に基づき損害を塡てん補したために当該年度において都道府県知事又は法第四条第三項の政令で定める市の長が補償給付の支給を免れることとなつた額（その額が当該ばい煙発生施設等設置者が当該年度において納付する汚染負荷量賦課金の額（次条の規定により算定した額を除く。）を超える場合にあつては、その汚染負荷量賦課金の額）を限度として行うものとする。
第1_附2条 （施行期日）
（施行期日）第一条この省令は、平成十六年四月一日から施行する。
第1_附3条 （施行期日）
（施行期日）第一条この省令は、公布の日から施行する。
第1_附4条 （施行期日）
（施行期日）第一条この省令は、平成十九年九月三十日から施行する。
第2条 第二条
第二条公害健康被害の補償等に関する法律施行令第六条の環境省令で定めるところにより算定した額は、当該年度分として徴収すべき汚染負荷量賦課金の総額に対する当該年度における第一種地域に係る指定疾病（法第二条第三項の規定により定められた疾病をいう。以下この条において同じ。）による被害に関して行う公害保健福祉事業に要する費用の二分の一に相当する額及び独立行政法人環境再生保全機構（以下「機構」という。）が第一種地域に係る指定疾病による被害に関して行う事務の処理に要する費用の額（独立行政法人通則法第四十六条の規定により政府から交付された金額に相当する額を除く。）の合計額の割合を、当該ばい煙発生施設等設置者が当該年度において納付する汚染負荷量賦課金の額に乗じて得た額とする。
第2_附2条 （経過措置）
（経過措置）第二条この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式による証明書は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。２この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式により調製した用紙は、この省令の施行後においても当分の間、これを取り繕って使用することができる。
第3条 （年間排出量の算定の方式）
（年間排出量の算定の方式）第三条法第五十三条第二項の環境省令で定める同条第一項の年間排出量の算定の方式は、次の各号に掲げる区分に応じて当該各号に定める算式により得た値の硫黄酸化物の量（温度が零度で圧力が一気圧の状態に換算した立方メートルをいう。以下この条において同じ。）を合計するものとする。ただし、これとは別の方式により年間排出量が算定できるときは、この限りでない。一使用する原材料又は燃料が液体又は固体の場合にあつては、それぞれ、使用する原材料又は燃料の別に応じて次のいずれかの算式により算出するものとする。イ原材料又は燃料の前年における使用量（単位 リットル）×原材料又は燃料の密度（単位 グラム毎立方センチメートル）×原材料又は燃料中の硫黄分の成分割合（単位 重量比）×（２２．４／３２）ロ原材料又は燃料の前年における使用量（単位 キログラム）×原材料又は燃料中の硫黄分の成分割合（単位 重量比）×（２２．４／３２）二使用する原材料又は燃料が気体の場合にあつては、それぞれ、使用する原材料又は燃料の別に応じて次の算式により算出するものとする。原材料又は燃料の前年における使用量（単位 温度が零度で圧力が一気圧の状態に換算した立方メートル）×原材料又は燃料中の硫黄分の成分割合（単位 容量比）２前項の場合において、脱硫（原材料中又は製品等中に吸収されること及び原材料中又は灰分中に残留することを含む。第六条第一項第六号において同じ。）により除去される硫黄酸化物の量は控除して算定するものとする。
第4条 （申告書等）
（申告書等）第四条法第五十五条第一項の環境省令で定める事項は、次の各号に掲げる事項とし、同条第三項の環境省令で定める事項は、第一号から第五号までに掲げる事項とする。一ばい煙発生施設等設置者の氏名又は名称及び住所又は所在地二硫黄酸化物の法第五十三条第一項第二号イに規定する算定基礎期間における累積量三硫黄酸化物の前年度の初日の属する年における年間排出量四硫黄酸化物の法第五十四条第二項第一号の単位排出量当たりの賦課金額五硫黄酸化物の法第五十四条第二項第二号の単位排出量当たりの賦課金額六その他参考となるべき事項２法第五十五条第一項の申告書は、汚染負荷量賦課金申告書（様式第一号）とする。
第5条 （納付の方法）
（納付の方法）第五条汚染負荷量賦課金は、これを工場又は事業場を単位として納付するものとする。ただし、納付義務者（法第五十二条第三項の規定により汚染負荷量賦課金を納付する義務を負うばい煙発生施設等設置者をいう。次条第二項、第七条、第八条及び第九条第二項において同じ。）が、これによらない旨をあらかじめ機構に届け出たときは、これとは別の方法により納付することができる。
第6条 （添付書類）
（添付書類）第六条法第五十五条第二項の環境省令で定める書類は、次のとおりとする。一第三条第一項本文の年間排出量の算定の方式による算定の過程を示す書類二第三条第一項ただし書の年間排出量の算定の方式により算定する納付義務者にあつては、その算定の過程を示す書類及びその算定の基礎となつた数値の根拠を明らかにすることができる書類三前年度の初日の属する年における原材料又は燃料の使用量を明らかにすることができる書類四原材料又は燃料中の硫黄分の成分割合を明らかにすることができる書類五原材料又は燃料の密度を明らかにすることができる書類六脱硫により除去される硫黄酸化物がある場合にあつては、脱硫の程度及びその根拠を明らかにすることができる書類
第6_2条 （電磁的記録媒体による手続）
（電磁的記録媒体による手続）第六条の二法第五十五条第二項の規定に基づく同条第一項の申告書への前条の書類の添付については、第四条第一項各号に定める事項及び当該書類の作成に必要となる事項を電磁的記録媒体（電磁的記録に係る記録媒体をいう。）をもつて調製するファイルに記録したものを添付することにより、行うことができる。
第7条 （汚染負荷量賦課金の充当）
（汚染負荷量賦課金の充当）第七条機構は、法第五十五条第五項の規定により、未納の汚染負荷量賦課金その他法の規定による徴収金に充当したときは、その旨を納付義務者に通知しなければならない。
第8条 （納付義務者が申告した汚染負荷量賦課金の延納の方法）
（納付義務者が申告した汚染負荷量賦課金の延納の方法）第八条法第五十五条第一項の規定により納付すべき汚染負荷量賦課金の額が三十万円以上である納付義務者は、同項の申告書を提出する際に法第五十六条の規定による延納の申請をした場合には、その汚染負荷量賦課金を、四月一日から六月三十日まで、七月一日から九月三十日まで、十月一日から十二月三十一日まで及び翌年一月一日から三月三十一日までの各期に分けて納付することができる。２前項の規定により延納をする納付義務者は、その汚染負荷量賦課金の額を期の数で除して得た額を各期分の汚染負荷量賦課金として、最初の期分の汚染負荷量賦課金についてはその年度の初日から起算して四十五日以内に、その後の各期分の汚染負荷量賦課金についてはそれぞれその期の初日の属する月の翌月十五日までに納付しなければならない。
第9条 （機構が決定した汚染負荷量賦課金の延納の方法）
（機構が決定した汚染負荷量賦課金の延納の方法）第九条前条の規定は、法第五十五条第四項の規定により納付すべきその不足する汚染負荷量賦課金に係る法第五十六条の規定による延納について準用する。この場合において、前条第一項中「第一項」とあるのは「第四項」と、「同項の申告書を提出する際」とあるのは「当該汚染負荷量賦課金を納付する際」と、同条第二項中「その年度の初日から起算して四十五日以内」とあるのは「法第五十五条第三項の規定による通知を受けた日の翌日から起算して十五日以内」と読み替えるものとする。２前項の規定により延納をする納付義務者は、最初の期分以外の各期分の汚染負荷量賦課金のうち、前項の規定により準用される前条第二項の規定による納期限が最初の期分の汚染負荷量賦課金の納期限よりさきに到来することとなるものについては、同項の規定にかかわらず、最初の期分の汚染負荷量賦課金の納期限までに、最初の期分の汚染負荷量賦課金とともに納付するものとする。
第10条 （特定賦課金の充当）
（特定賦課金の充当）第十条機構は、法第六十四条第三項（法第六十五条第四項において準用する場合を含む。）の規定により、未納の特定賦課金その他法の規定による徴収金に充当したときは、その旨を納付義務者（法第六十二条第二項の規定により特定賦課金を納付する義務を負う特定施設等設置者（法第六十二条第一項に規定する特定施設等設置者をいう。以下同じ。）をいう。第十二条及び第十四条第一項において同じ。）に通知しなければならない。
第11条 （共同納付の申出）
（共同納付の申出）第十一条法第六十五条第一項の申出は、共同納付申出書（様式第二号）をもつてしなければならない。
第12条 （特定賦課金の延納の方法）
（特定賦課金の延納の方法）第十二条法第六十四条第一項の規定により納付すべき特定賦課金の額が三十万円以上である納付義務者は、当該特定賦課金を納付する際に法第六十六条において準用する法第五十六条の規定による延納の申請をした場合には、その特定賦課金を、四月一日から六月三十日まで、七月一日から九月三十日まで、十月一日から十二月三十一日まで及び翌年一月一日から三月三十一日までの各期に分けて納付することができる。２前項の規定により延納をする納付義務者は、その特定賦課金の額を期の数で除して得た額を各期分の特定賦課金として、最初の期分の特定賦課金については法第六十四条第一項の規定により通知を受けた納期限までに、その後の各期分の特定賦課金についてはそれぞれその期の初日の属する月の翌月十五日までに納付しなければならない。３前項の規定により延納をする納付義務者は、最初の期分以外の各期分の特定賦課金のうち、同項の規定による納期限が最初の期分の特定賦課金の納期限よりさきに到来することとなるものについては、同項の規定にかかわらず、最初の期分の特定賦課金の納期限までに、最初の期分の特定賦課金とともに納付するものとする。
第13条 第十三条
第十三条前条の規定は、法第六十四条第三項の規定により納付すべきその不足する特定賦課金に係る法第六十六条において準用する法第五十六条の規定による延納について準用する。この場合において、前条第一項及び第二項中「第一項」とあるのは「第三項」と読み替えるものとする。
第14条 （特定賦課金の共同納付の場合の延納の方法）
（特定賦課金の共同納付の場合の延納の方法）第十四条法第六十五条第一項の規定による承認を受けた場合にあつては、その共同で納付すべき特定賦課金の額が三十万円以上である共同納付義務者（法第六十五条第一項の規定により、特定賦課金を共同で納付する旨の申出をし、承認を受けた納付義務者をいう。以下この条において同じ。）は、当該特定賦課金を納付する際に法第六十六条において準用する法第五十六条の規定による延納の申請をした場合には、その特定賦課金を、四月一日から六月三十日まで、七月一日から九月三十日まで、十月一日から十二月三十一日まで及び翌年一月一日から三月三十一日までの各期に分けて納付することができる。２前項の規定により延納をする共同納付義務者は、その特定賦課金の額を期の数で除して得た額を各期分の特定賦課金として、最初の期分の特定賦課金については法第六十四条第一項の規定により通知を受けた納期限までに、その後の各期分の特定賦課金についてはそれぞれその期の初日の属する月の翌月十五日までに納付しなければならない。３前項の規定により延納をする共同納付義務者は、最初の期分以外の各期分の特定賦課金のうち、同項の規定による納期限が最初の期分の特定賦課金の納期限よりさきに到来することとなるものについては、同項の規定にかかわらず、最初の期分の特定賦課金の納期限までに、最初の期分の特定賦課金とともに納付するものとする。
第15条 第十五条
第十五条前条の規定は、法第六十五条第四項において準用する法第六十四条第三項の規定により納付すべきその不足する特定賦課金に係る法第六十六条において準用する法第五十六条の規定による延納について準用する。この場合において、前条第一項中「法第六十五条第一項の規定による承認を受けた場合にあつては、その共同で納付すべき」とあるのは「法第六十五条第四項において準用する法第六十四条第三項の規定により納付すべき」と、同条第二項中「法第六十四条第一項の規定により通知を受けた」とあるのは「法第六十五条第四項において準用する法第六十四条第三項の規定により通知を受けた」と読み替えるものとする。
第16条 （汚染負荷量賦課金等の申告及び納付）
（汚染負荷量賦課金等の申告及び納付）第十六条汚染負荷量賦課金申告書は、機構に提出しなければならない。２汚染負荷量賦課金、特定賦課金その他法の規定による徴収金は、機構に直接納付する場合のほかは、金融機関に設けられた機構の口座に払い込むことによつて納付しなければならない。３汚染負荷量賦課金、特定賦課金その他法の規定による徴収金の納付は、納入告知書に係るものを除き納付書によつて行わなければならない。４法第五十五条第三項並びに法第六十四条第一項及び第二項（法第六十五条第四項において準用する場合を含む。）の規定による通知は、納入告知書によつて行わなければならない。
第17条 （滞納処分の証明書）
（滞納処分の証明書）第十七条法第五十七条第五項又は第六項（法第六十六条において準用する場合を含む。）の規定による滞納処分のため財産の差押えをするときは、差押えをする市町村（特別区を含む。）又は機構の職員は、その行為に関し正当な権限を有する者であることを示す証明書（様式第三号）を提示しなければならない。
第18条 （公示送達の方法）
（公示送達の方法）第十八条法第六十条（法第六十六条において準用する場合を含む。）の規定により国税徴収の例によることとされる汚染負荷量賦課金、特定賦課金その他法の規定による徴収金に関する公示送達は、機構の理事長が送達すべき書類を保管し、いつでも送達を受けるべき者に交付する旨を機構の掲示場に掲示して行う。
第19条 （書類の保存義務）
（書類の保存義務）第十九条ばい煙発生施設等設置者若しくは特定施設等設置者又はばい煙発生施設等設置者若しくは特定施設等設置者であつた者は、法又はこの省令による書類を、その完結の日から五年間保存しなければならない。
第20条 （代理人選任の届出）
（代理人選任の届出）第二十条ばい煙発生施設等設置者又は特定施設等設置者は、法の規定に基づいてばい煙発生施設等設置者又は特定施設等設置者がしなければならない事項につき、代理人をして処理させようとするときは、あらかじめ、文書でその旨を機構に届け出なければならない。
第21条 第二十一条
第二十一条削除
第22条 （電子情報処理組織による申告等）
（電子情報処理組織による申告等）第二十二条情報通信技術を活用した行政の推進等に関する法律（平成十四年法律第百五十一号）第六条第一項の規定に基づき、環境省の所管する法令に係る情報通信技術を活用した行政の推進等に関する法律施行規則（平成十五年環境省令第七号）第三条に規定する電子情報処理組織を使用した法第五十五条第一項の規定による申告書の提出、法第五十六条の規定による延納の申請、第五条ただし書の規定による別の方法による納付の届出及び第二十条の規定による代理人選任の届出（以下「電子申告等」という。）を行おうとする者は、あらかじめ、電子申告等を行う者の氏名その他必要な事項を文書で機構に届け出なければならない。２機構は、前項の規定による届出を受けたときは、識別番号及び暗証番号を付し、これらの番号を電子申告等を行う者として届け出られた者に通知するものとする。３電子申告等を行う者は、機構の使用に係る電子計算機に備えられたファイルから入手可能な様式に記録すべき事項（次項において「電子申告等記録事項」という。）その他必要な事項を、電子申告等を行う者の使用に係る電子計算機であつて次に掲げる技術的基準に適合するものから入力して、電子申告等を行わなければならない。一機構の使用に係る電子計算機に備えられたファイルから入手した様式に入力できる機能二機構の使用に係る電子計算機と通信できる機能４前項の規定により電子情報処理組織を使用した法第五十五条第一項の規定による申告書の提出を行う者は、第六条の二の規定にかかわらず、第六条各号に掲げる書類に記載すべき事項を電子申告等記録事項と併せて入力し、これを送信しなければならない。