第1条 （政令で定める検疫感染症）
（政令で定める検疫感染症）第一条検疫法（以下「法」という。）第二条第三号の政令で定める感染症は、ジカウイルス感染症、チクングニア熱、中東呼吸器症候群（病原体がベータコロナウイルス属ＭＥＲＳコロナウイルスであるものに限る。別表第二において単に「中東呼吸器症候群」という。）、デング熱、鳥インフルエンザ（病原体がインフルエンザウイルスＡ属インフルエンザＡウイルスであつてその血清亜型がＨ五Ｎ一又はＨ七Ｎ九であるものに限る。同表において「鳥インフルエンザ（Ｈ五Ｎ一・Ｈ七Ｎ九）」という。）及びマラリアとする。
第1_附2条 （施行期日）
（施行期日）第一条この政令は、平成十一年四月一日から施行する。
第1_附3条 （施行期日）
（施行期日）第一条この政令は、感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律及び検疫法の一部を改正する法律（平成十五年法律第百四十五号）の施行の日から施行する。
第1_附4条 （施行期日）
（施行期日）第一条この政令は、公布の日から施行する。ただし、附則第九条から第四十四条までの規定は、平成十六年四月一日から施行する。
第1_附5条 （施行期日）
（施行期日）第一条この政令は、感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律等の一部を改正する法律の施行の日（平成十九年六月一日）から施行する。ただし、第一条の規定、第二条中感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律施行令第一条及び第十三条の改正規定、同条を同令第二十九条とし、同条の次に一条を加える改正規定、同令第十二条の改正規定、同条を同令第二十八条とする改正規定、同令第十一条第一項の改正規定、同条を同令第二十七条とする改正規定、同令第十条の改正規定、同条を同令第二十六条とする改正規定、同令第九条第一項の改正規定、同条を同令第二十五条とする改正規定、同令第八条を同令第十四条とする改正規定、同令第七条を同令第十三条とする改正規定、同令第六条の改正規定、同条を同令第十条とし、同条の次に二条を加える改正規定、同令第五条第三号の改正規定、同条を同令第九条とし、同令第四条を同令第八条とする改正規定、同令第三条の表第二十二条第三項の項の次に次のように加える改正規定、同表第二十三条の項の改正規定、同項の次に次のように加え、同条を同令第七条とする改正規定、同令第二条の二を同令第六条とする改正規定、同令第二条第四号の改正規定、同条に一号を加え、同条を同令第五条とする改正規定、同令第一条の二の改正規定、同条を同令第四条とし、同令第一条の次に二条を加える改正規定、第三条及び第四条の規定、第五条中検疫法施行令第一条の三の改正規定、第六条、第八条から第二十条まで及び第二十二条の規定並びに次条から附則第四条までの規定は、平成十九年四月一日から施行する。
第1_附6条 （施行期日）
（施行期日）第一条この政令は、感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律及び検疫法の一部を改正する法律の施行の日から施行する。
第1_附7条 （施行期日）
（施行期日）第一条この政令は、行政不服審査法の施行の日（平成二十八年四月一日）から施行する。
第1_附8条 （施行期日）
（施行期日）第一条この政令は、改正法の施行の日から施行する。
第1_附9条 （施行期日）
（施行期日）第一条この政令は、令和六年四月一日から施行する。
第1_2条 （検疫港等）
（検疫港等）第一条の二法第三条の政令で定める港又は飛行場は、別表第一のとおりとする。
第1_3条 （停留の期間）
（停留の期間）第一条の三法第十六条第三項の政令で定める期間は、次の各号に掲げる感染症の区分に応じ、それぞれ当該各号に定める期間とする。一エボラ出血熱及びラッサ熱五百四時間二クリミア・コンゴ出血熱二百十六時間三痘そう四百八時間四南米出血熱三百八十四時間五マールブルグ病、新型インフルエンザ（感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律（平成十年法律第百十四号。次号において「感染症法」という。）第六条第七項第一号に掲げる新型インフルエンザをいう。別表第二において同じ。）及び再興型インフルエンザ（同項第二号に掲げる再興型インフルエンザをいう。同表において同じ。）二百四十時間六新型コロナウイルス感染症（感染症法第六条第七項第三号に掲げる新型コロナウイルス感染症をいう。別表第二において同じ。）及び再興型コロナウイルス感染症（同項第四号に掲げる再興型コロナウイルス感染症をいう。同表において同じ。）三百三十六時間
第1_4条 （審議会等で政令で定めるもの）
（審議会等で政令で定めるもの）第一条の四法第十六条の四第四項の審議会等で政令で定めるものは、疾病・障害認定審査会とする。
第2条 （手数料）
（手数料）第二条法第二十六条に規定する手数料の額は、別表第二の通りとする。
第2_2条 （診察等を行う検疫感染症以外の感染症）
（診察等を行う検疫感染症以外の感染症）第二条の二法第二十六条の二の政令で定める感染症は、急性灰白髄炎、細菌性赤痢、ジフテリア、腸チフス、パラチフス、腸管出血性大腸菌感染症、アメーバ赤痢、ウエストナイル熱、Ａ型肝炎、黄熱、狂犬病、後天性免疫不全症候群、ジアルジア症、腎じん症候性出血熱、日本脳炎、破傷風、ハンタウイルス肺症候群及び麻しんとする。２法第二十六条の二に規定する手数料の額は、別表第二の二のとおりとする。
第3条 （検疫感染症に準ずる感染症）
（検疫感染症に準ずる感染症）第三条法第二十七条第一項の政令で定める感染症は、ウエストナイル熱、腎じん症候性出血熱、日本脳炎及びハンタウイルス肺症候群とする。
第3_附2条 （検疫法施行令の一部改正に伴う経過措置）
（検疫法施行令の一部改正に伴う経過措置）第三条施行日前に第三条の規定による改正前の検疫法施行令第一条に規定するインフルエンザ（Ｈ五Ｎ一）に係る措置が行われた場合においては、検疫法第三十二条第一項第一号（同条第四項において準用する場合を含む。）の規定により徴収する実費又は同法第三十三条の規定により支弁する費用若しくは負担する負担金については、なお従前の例による。
第4条 （調査を行う区域）
（調査を行う区域）第四条法第二十七条第一項に規定する区域は、別表第三の通りとする。
第4_附2条 （罰則に関する経過措置）
（罰則に関する経過措置）第四条施行日前に行われた行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
第4_附3条 （罰則に関する経過措置）
（罰則に関する経過措置）第四条附則第一条ただし書に規定する規定の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
第4_附4条 （罰則に関する経過措置）
（罰則に関する経過措置）第四条施行日前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
第5条 （実費）
（実費）第五条法第三十二条第一項（同条第三項において準用する場合を含む。）の規定により徴収する実費は、次に掲げるものとする。一薬品費二消耗品費三食糧費四委託収容費五火葬費六前各号に掲げるもののほか、法第十四条第一項第一号、第二号、第五号、第六号又は第八号に規定する措置をとるために直接必要な費用
第6条 （国庫の負担）
（国庫の負担）第六条法第三十三条の規定による国庫の負担は、各年度において保健所長が法第二十二条第三項又は第二十三条第三項（同条第六項において準用する場合を含む。）の規定によりとつた措置に要した費用の額から、法第三十二条第三項において準用する同条第一項又は第二項の規定により徴収した実費の額を控除した額につき、厚生労働大臣が定める基準に従つて行う。
第6_附2条 （罰則に関する経過措置）
（罰則に関する経過措置）第六条施行日前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。